吴佩衡忠实地传承了火神派的学术思想，从理论到实践至教学一以贯之。他说：“郑钦安先生的著作，是在实践中阐扬仲景医学的真理，其独到之处能发前人所未发。我认为在治疗疾病上很有价值，可以作为中医科学化的基本材料”（为刘铁庵编纂的《郑钦安之医学》题词）。1962 年，吴氏主持云南中医学院工作时，再次将《医理真传》和《医法圆通》作为教参资料翻印，在教学中推广。与郑钦安一样，吴氏临床善用附子和四逆辈，而且在剂量和应用范围等方面有所突破，为经典火神派医家代表。
吴氏称附子为“回阳救逆第一品药”，善于广用、重用之，胆识兼备，屡起疑难大症。
吴氏投用附子，倡用久煎，用量 15~60g，必须用开水煮沸 2~3 小时。用量增加，则须延长煮沸时间，以口尝不麻口舌为准。有时为了抢救重症，则药壶连续置于炉上不停火，久煎附子，随煎随服，虽大剂量也不偾事。强调“附子只在煮透，不在制透，故必煮到不麻口，服之方为安全”。
